Việc nghiên cứu các sinh vật đa dạng này có nghĩa là bộ môn này thường được chia nhỏ thành những đơn vị tập trung hợn, đơn giản hơn, sử dụng những kỹ thuật thông thường, kể cả cho dù chúng không nghiên cứu cùng một sinh vật hoặc bệnh. Nhiều nghiên cứu trong ngành ký sinh trùng học rơi vào đâu đó giữa hai hay nhiều những định nghĩa này. Nói chung, việc nghiên cứu các sinh vật nhân sơ thuộc về lĩnh vựcvvii khuẩn học thay vì ký sinh trùng học.